白音华能源化园区管理委员会组织机构设六个科室，为综合科、规划建设科、招商发展科、国土资源管理科、财政科和环保科。
各部室职能设置为：
（一） 综合科
1、 协助管委会领导做好白音华工矿区政务综合协调工作；
2、监督国家、自治区、盟、旗有关法律法规、规章政策执行情况；
3、制定管委会有关行政管理制度并监督执行；
4、负责管委会会议、文秘、信息、保密、信访工作；
5、办理人事、劳动、社保事务；
6、管理机关财务、房产、物资设备；
7、负责档案的收集、整理、保管、利用和清理、交接工作；
8、承办管委会党工委办公室、纪检、组织、宣传、群团等工作；
9、负责白音华煤电园区精神文明建设、计生等工作；
10、完成管委会领导交办的其他工作。
（二） 规划建设科
1、 编制、实施白音华能源化工基地建设规划意见和控制性详细规划意见；
2、负责路网、水网、电网、信息网等基础设施的建设，负责公共设施的建设。
3、负责白音华能源化工基地内建设项目的指导、管理和外部事务的协调，负责办理或协调办理建设规划手续。
4、管理基础设施和公共设施；负责白音华能源化工基地绿化工作。
5、完成管委会领导交办的其他工作。
（三） 招商服务科
1、编制、实施白音华能源化工基地经济发展规划和年度计划。
2、负责招商引资、经济协作工作，审批、审核投资项目；审批企业各种优惠待遇；代办开业手续。
3、处理白音华能源化工基地企业的涉外事务，管理进出口业务。
4、对白音华能源化基地地内企事业单位进行指导监督，保护投资者和企业的合法权益，保护劳动者的合法权益。
5、督促白音华能源化工基地内企业依法向税务、财政、审计、劳动的部 门报送会计报表，接受监督。
6、协调白音华能源化工基地经济运行；负责电力调度、安全生产工作；负责统计报表的报送。
7、完成管委会领导交办的其他工作。
（四） 国土资源科
1、 根据白音华能源化工基地建设规划，编制用地规划。
2、负责土地的征用和开发、移民的拆迁、安置、补偿。
3、负责土地转让、出租、划拨，并办理相关手续。
4、完成管委会领导交办的其他工作。
（五）财政科：
1、编制白音华能源化工基地财政预算、决算，管理管委会财政经费；
2、协调银企关系；负责政策类贷款、贴息工作；
3、审批各类行政性收费标准，负责收取各类行政性收费；
4、监督白音华能源化工基地企业执行会计法律、法规和规章的情况；
5、负责管委会开发建设公司的运作；
6、完成管委会领导交办的其他工作。
（六） 环保科
1、负责白音华能源化工基地新、改、扩建工程项目环境保护和水土保持“三同时”审批和监督管理；
2、负责排放污染物申报登记及许可证发放的管理；
3、审批环保项目，督促白音华能源化工基地内企业做到环保节能和可持续发展；
4、排污费、水土保持费征收；
5、监督企业的环保运行；处理环境污染事故；
6、监督企业的水土保持；处理水土保持破坏事故；
7、环保、水保统计、信息工作；
8、完成管委会领导交办的其他工作。